Cada sección tiene por objeto representar los intereses específicos de las empresas agrupadas, ante la Cámara, organismos gubernamentales o descentralizados, públicos o privados; son autónomas en su funcionamiento interno sin embargo, someten a la aprobación del Consejo Directivo de la Cámara cualquier determinación, acuerdo o representación ante autoridades o funcionarios públicos, que afecte los intereses de la Industria Farmacéutica en general.
De acuerdo con los Estatutos de CANIFARMA, las empresas afiliadas a esta, podrán constituirse en sección cuando lo solicité un número de empresas afiliadas superior al 10% de las registradas en el ejercicio correspondiente, dedicándose a una especialidad o rama especifica.